一周目结束后角色会登录荣誉殿堂，过完片尾曲后会自动进入二周目。这里如果角色已经收集完六十只宝可梦的全图鉴，大木博士会主动找上角色过剧情，没收集完的话需要先去抓完所有宝可梦再主动去找大木博士。过完剧情后大木博士的孙子会跑去一之岛收集宝可梦图鉴，这几个岛也是二周目的主要收集区域。与阿锦对话后会得知他在制造交换宝可梦的装置，但需要角色帮忙去一之岛上收集相关宝石。出门后从右边走水路能够到达一片新区域，在山洞里面泡温泉能够给宝可梦回血。
从左边走水路可以到达灯火山区域，在这里可以抓到火焰鸟等宝可梦凑图鉴。在山腰右边会有两个火箭队成员大声密谋，偷听到开门密码后可以主动过去触发战斗。结束战斗进入山洞后会有用怪力推石头的解密挑战，完成挑战后可以在山洞中心拿到阿锦需要的红宝石。把宝石交给阿锦后会得到一张更高级的船票，这时角色可以去到任意的普通岛屿。不知道去哪的话推荐先去四之岛，下船之后会碰到小绿，这里和他对话不会触发战斗。
四之岛上有冰系天王科拿的家，在上方的宝可梦培育屋中可以对两只宝可梦进行培育。在科拿家旁边冲浪能够找到冰瀑洞窟，在易碎冰面和滑冰场地上随便逛逛能够获得鱼跃龙门技能。探索雪地区域时有可能被瀑布卡住进度，这时可以用带鱼跃龙门技能的宝可梦把角色传到瀑布之上。帮助科拿击败火箭队成员后就可以去下一个岛屿了，火箭队的基地就位于五之岛之上。冲浪到五之岛的时候会在老爷子处获得一个宝可梦蛋，遇到山雾洞时可能会迷路，这个时候只需要根据石头数量选择去对应的几点钟方向就行了。
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